通关一周目后，你会发现自己站在家门前，这时候大木博士会主动来找你聊天。如果图鉴收集超过60种宝可梦，博士会帮你升级到全国图鉴模式，这可是开启二周目的重要条件哦。记得先去博士研究所找他升级图鉴，之后再去精灵联盟会发现四天王暂时无法挑战，因为冰系天王科拿出去旅游了。
接下来要从枯叶市乘船前往1号岛屿，在岛上的网络中心会遇到之前精灵中心修理大机器的工作人员。他会告诉你机器需要红宝石才能运行，这时候就要开始寻找宝石的旅程啦。来到灯火山往右边走，会遇到两个火箭队余党，打败他们后进入洞穴深处就能找到红宝石。把红宝石交给网络中心的工作人员后，他会给你彩虹通行证，这样就能自由穿梭七岛之间了。
拿到彩虹通行证后，继续探索各个岛屿是二周目的主要内容。在4号岛会遇到小茂但不会对战，岛上还有机会获得波克比蛋。5号岛有火箭队仓库需要密码才能进入，6号岛则要通过水之小径来到绿色小径，进入记号森林可以遇到稀有宝可梦。最有趣的是在洞穴中找到蓝宝石时会被NPC抢走，需要再次前往火箭队仓库夺回。
最后来到7号岛，岛上有训练师之塔可以挑战强力对手。回到关都地区后，华蓝市的洞穴看守人不见了，这时候可以冲浪前往华蓝洞，在最深处会遇到70级的超梦。记得带上会碎岩和冲浪技能的宝可梦，路上会遇到不少高等级野生宝可梦。二周目不仅能收服三神鸟等传说宝可梦，还能体验到全新的岛屿冒险剧情。
整个二周目流程比一周目更加自由，可以按照自己的节奏探索各个岛屿。建议多带些回复道具，因为二周目的训练师实力都有所提升。最重要的是享受这个过程中发现的新内容，毕竟二周目才是真正展示游戏深度的开始。
