口袋妖怪火红三周目中的岛屿迷宫出现在游戏后期的七岛探险环节，具体位于第五座岛屿的隐藏洞穴内。这个迷宫设计为四面都是洞口的复杂结构，需要玩家携带至少5件道具（如碎石、闪光等）才能顺利探索。迷宫的路径遵循特定规律：进入后先向右，再向下，随后按上、下、下、右、左、下、右、上的顺序移动即可找到关键NPC。洞穴内部存在冰面区域，需借助石头阻挡来调整滑行方向，且部分区域需连续踩踏两次才能触发隐藏台阶。
该迷宫的核心任务是获取蓝宝石并解锁火箭队仓库的密码。玩家在迷宫深处会遇到一名研究员，对话后触发战斗，胜利后可取得蓝宝石，但随即会被火箭队成员抢走。需返回第五岛屿的回忆之塔，输入从迷宫获得的密码（需结合前序岛屿获取的另一段密码）才能完全解锁仓库。迷宫中还隐藏着201号未知图腾的捕捉点，位于南侧废墟区域，需使用冲浪技能抵达。若未携带足够道具，建议提前在4号岛的精灵中心补充。
完成迷宫探索后，玩家需乘船前往第六岛屿继续剧情。第六岛屿南部的特殊石门需使用居合斩技能开启，内部结构与第五岛屿迷宫类似，但路线简化为上、左、右、下的基础顺序。此处可回收被抢走的蓝宝石，并最终修复1号岛的通讯机器。三周目新增的386版图鉴升级是进入这些迷宫的前提条件，建议在挑战前先找大木博士完成图鉴升级。
