玩家确实可以捕捉多种传说中的神兽，包括三神鸟（闪电鸟、火焰鸟、急冻鸟）、超梦以及部分版本限定的幻兽。这些神兽通常分布在特定地点，需要满足一定条件才能触发遭遇。捕捉神兽前需做好充分准备，包括携带足够的高级球、状态异常技能以及恢复道具。神兽的捕捉难度较高，建议将目标血量压制至红色状态并施加睡眠或冰冻异常状态以提高成功率。
急冻鸟位于双子岛最深处，需用岩石堵住瀑布急流才能抵达巢穴，推石顺序为上→右→下→左。闪电鸟出现在无人发电厂内部，需穿过复杂迷宫到达核心区域。火焰鸟则栖息在火焰山山顶，需通过一系列岩石迷宫才能到达。超梦的捕捉地点在华蓝洞窟深处，需先获得关键道具才能进入。不同版本还存在部分限定神兽，如叶绿版可捕捉防御形态的代欧奇希斯，火红版则为攻击形态。
捕捉神兽时推荐使用时间球或高级球。时间球的捕捉率随战斗回合数增加而提升，超过30回合后效果优于高级球。若没有大师球，可让宝可梦学会刀背打技能将神兽血量精准控制在1点，再配合催眠术或电磁波等状态技能。急冻鸟与闪电鸟对飞行系技能有抗性，建议使用岩石系宝可梦对抗火焰鸟，电系宝可梦对抗急冻鸟。超梦具有极高的特攻能力，需优先削弱其速度并防止其使用恢复技能。
例如三圣兽（雷公、炎帝、水君）的遭遇与初始选择的御三家有关：选择杰尼龟可遇到雷公，妙蛙种子对应炎帝，小火龙则关联水君。洛奇亚和凤王需要通过事件获得船票前往脐之岩。代欧奇希斯则需在诞生之岛完成拼图挑战。这些神兽的等级通常在50-70级之间，建议队伍平均等级达到55级以上再尝试捕捉。
完成一周目后，玩家可继续探索二周目内容，包括前往七岛区域捕捉更多稀有宝可梦。某些隐藏区域如野生原野区尽头海域能钓到迷你龙，使用宝可梦笛子可唤醒挡路的卡比兽。收集全部神兽后，可向博士展示图鉴获取奖励。需闪光色违神兽的出现概率极低，需反复遭遇才能遇见。
神兽的培养价值主要体现在对战塔和联机对战中使用。急冻鸟的冰冻光束、闪电鸟的十万伏特、超梦的精神干扰等技能具有极高实战价值。建议根据队伍属性短板选择捕捉目标，并合理分配技能机器提升战斗力。所有神兽均可通过合法手段获得，无需借助作弊代码即可完成全图鉴收集。
