清籁丸地下门的开启需要完成一系列解密步骤，关键在于获取完整的钥匙。首先需要从清籁岛上方裂口进入沉船内部，在船舱第二层的地板裂缝中可以找到一个宝箱，打开后即可获得这把钥匙。拿到钥匙后返回铁门位置直接使用即可开启。需钥匙的获取过程涉及多个机关解密，包括指针调整和地板图案配对等操作。
进入沉船后最先遇到的解密是船板上的指针机关，需要将四个指针调整为稍长边围成长方形的状态。成功后会触发木板破碎，应优先获取雷种子以穿越后续的雷屏障。跟随出现的仙灵前进可以找到多个宝箱，其中就包含锈蚀钥匙和完整钥匙。在船舱负一层的水坑宝箱中，完整钥匙的出现条件是正确完成地板图案配对解密，这个解密需要将六个地板两两配对点亮相同图案。
继电石摆放是开启地下区域的另一关键步骤。需要在沉船下方找到三个继电石，分别位于雷种子结界内和船尾半山腰处。摆放时应确保电流通路连接完整，具体位置可参考船尾机关的形状进行布置。成功连接后系统会提示闸门开启，才能进入最终的山洞区域。山洞内需要击败遗迹机兵并引导雷灵，通过相位之门返回后才能完成整个解密流程。
整个解密过程中仙灵的引导至关重要。从最初在雷结界旁发现仙灵开始，需要持续跟随其移动路线，它会带领玩家找到多个关键道具和机关。特别注意仙灵会穿过某些无法直接打开的门，需要绕道至获得第一个钥匙的位置才能继续追踪。在最终阶段，仙灵会停留在座台位置，这时附近可以额外发现两个雷神瞳。
解密过程中若出现卡关情况，建议重新检查三个关键节点：指针是否形成完整长方形、地板图案是否全部配对成功、继电石电流是否连通。部分机关如雷屏障必须携带雷种子才能通过，而相位之门的传送方向也需要手动调整对准目标位置。使用高个子角色可以更轻松地完成最后的雷极飞行环节，获取高处雷神瞳。
