魂石系统是提升角色战斗力的重要环节，通过不同属性的魂石组合可以激活多样化的加成效果。游戏内魂石分为火、水、雷、土、冰、风六种基础属性，以及光、电、极、冷、霜、热、爆、云、漫、雪、封、赤十二种双属性融合魂石，共计18种魂石类型。这些魂石通过特定搭配可触发额外效果，例如生命上限提升、伤害加成、元素穿透或控制类特效等。
魂石组合的核心机制在于三石联动，即每三个不同魂石搭配会生成独特的属性加成。目前游戏中存在18种基础组合方式，例如火+火+火或火+雷+雷等，每种组合对应不同的战斗增益。生命上限和伤害加成是最常见的组合效果，例如光+热+爆可提供18%生命上限和6%伤害加成，而赤+封+漫则能同时提升生命、伤害并附加麻痹、冰冻等控制效果。
从功能性来看，魂石组合可分为输出型、防御型和控制型三大类。输出型组合以火攻魂石、爆伤魂石为核心，搭配破防魂石可显著提升暴击率和爆发伤害；防御型组合通常结合生命魂石与防御魂石，增强生存能力；控制型组合则依赖冰、封等属性魂石，触发减速或麻痹效果。双属性融合魂石在同等级下提供的元素伤害加成高于单属性魂石，但获取难度也相对较高。
实际搭配时需根据角色职业特性选择魂石组合。例如法师职业更适合火攻与毒伤魂石的混合搭配，以强化范围伤害；刺客职业则可优先选择爆伤与破防组合，最大化单体输出。魂石升级能进一步提升基础属性值，但组合效果仅与魂石种类相关，与等级无关。玩家需在资源有限的情况下，平衡魂石品质与组合效果的优先级。
全民奇迹的魂石系统通过多属性交叉组合，提供了至少数十种实战搭配方案。玩家需结合战斗场景、敌方阵容和自身职业特点灵活调整，而非盲目追求单一组合。系统深度与策略性体现在对魂石属性、组合效果及角色定位的综合考量上，这也是其长期吸引玩家研究的关键因素。
