舰队回港后最直接的变化是进入自动维修状态，受损舰船会根据基地维修设施的等级和效率逐步恢复耐久值。维修速度与基地内工程舰的配置有关，部分高级支援舰如埃迪卡拉级可显著提升维修效率至基地标准的110%。需维修期间舰船无法执行任何外出任务，但可通过消耗额外资源加速完成维修过程。若舰队在战斗中完全损毁，则需重新投入资源进行建造。
回港后的另一项重要变化是战损补充机制启动。对于搭载舰载机的航母或具备生产模块的支援舰，系统会自动检测并补充战斗中损失的舰载机或小型舰船。这一过程需要消耗对应的资源与电子货币，且补充时间与生产线的技术等级挂钩。若舰队中包含特殊型号的工程舰，还能为同盟成员提供战损补充服务，实现前线快速补给功能。资源储备不足时，系统会暂停补充流程直至资源达标。
舰队回港会触发战斗数据分析，包括舰船经验值结算与技术点分配。每艘参与战斗的舰船会根据击毁数、承伤值等参数获得独立经验，用于解锁蓝图子系统强化节点。技术点的分配需谨慎操作，因为加点后仅能通过特定道具重置。部分舰船在达到经验阈值后可激活特殊策略技能，这些技能往往能改变舰船在后续战斗中的定位与表现。
回港后的舰队状态会直接影响战略地图上的势力评估。完整编制的舰队能提升所在基地的防御评级，而大量受损舰船则可能引发周边势力的战术试探。部分高级舰船在维修完成后需要进行适应性调试，这段时间内其属性会有小幅波动。同盟成员可通过共享视野查看彼此舰队的回港状态，便于协调集体行动与资源调配。
长期驻港的舰队会进入待机状态，舰船能耗降低但部分主动技能进入冷却。重新出航前需检查舰队编组是否完整，特别是混合编队中的功能性舰船如防空艇或维修舰。某些特殊舰船在连续作战后需要更长的系统自检时间，这会反映在状态栏的倒计时提示上。合理规划舰队轮换节奏是维持持续作战能力的关键因素。
